La creación de la ECEME está íntimamente ligada a la creación del ESTADO MAYOR GENERAL DEL EJÉRCITO en el año 1905, institución que vio la necesidad de contar con oficiales especializados para la novel organización.
El 10 de Agosto de 1929, por Decreto Nº 34.260, fue creada la Escuela Superior de Guerra con el objetivo de completar la Educación Militar Superior y proporcionar oficiales preparados en las funciones de Estado Mayor. Sin embargo diversas circunstancias impidieron su funcionamiento.
El egreso de la primera promoción se produjo el 26 de agosto de 1940 en un acto llevado a cabo en el Centro Militar y Naval con la asistencia del Presidente de la República, Gral Ejto JOSÉ FÉLIX ESTIGARRIBIA, quien personalmente entregó los diplomas a cada uno de los oficiales egresados.
En septiembre de 1946, a través de la Orden General Nº 65, se creó por primera vez un curso de información para los Oficiales Superiores de las Fuerzas Armadas, funcionando el curso bajo la dirección de Escuela Superior de Guerra.
En el año 1952 fueron abierto dos cursos básicos: un curso en la sede de la Escuela Superior de Guerra y otro en el asiento de la Primera División de Caballería.
Por Orden General Nº 3 del 10 de febrero de 1966, fueron instituidos los siguientes brevets: el de Oficial de Estado Mayor para oficiales combatientes, el de Intendencia Militar para oficiales de Intendencia y el de Sanidad Militar para oficiales de Sanidad.
El 20 de marzo de 1969 por Orden General Nº 36 fue sustituida la denominación de ESCUELA SUPERIOR DE GUERRA por la de ESCUELA DE COMANDO Y ESTADO MAYOR DE LAS FUERZAS ARMADAS, señalándose en las consideraciones, que la misma está más acorde con la finalidad perseguida por la Escuela; en el mismo año también, se sustituyó la denominación de Director por la de Comandante.
En el año 1970 la Misión Militar del Ejército de los EEUU, prestó por último año su valioso asesoramiento para el funcionamiento de la Escuela de Comando y Estado Mayor; a partir de entonces la institución funcionó con profesores nacionales y posteriormente también con invitados de la Misión Militar Brasileña de Instrucción
Con sus 91 años de existencia, la institución cumple con su delicada función de formar oficiales de Comando y Estado Mayor.
Por Orden General Nº 132 de fecha 17 de julio de 2002 se le instituyó a la ECEME, la denominación de “Mcal JOSÉ FÉLIX ESTIGARRIBIA”, en homenaje a quien fuera el Comandante victorioso del Ejército paraguayo durante la Guerra del Chaco, quien demostró sus virtudes de gran estratega empleando al máximo sus conocimientos acerca de las funciones del Estado Mayor. Este nombre sintetiza los dones del líder y conductor militar, habiéndose destacado nítidamente en la Contienda Chaqueña como Comandante en Jefe del Ejército en Campaña. Dicho nombre constituye una permanente y alta fuente de inspiración y guía para todos los SS. OO instructores y alumnos, a fin de alcanzar los objetivos Institucionales fijados por el Escalón Superior.